専攻科は，学科における教育の基礎の上に，更に高度な専門的知識と技術を教授し，その研究を指導することを目的とする。専攻科課程を通して，核となる分野に関する確固たる知識をベースとしてもち，その方法論・実践論を幅広い工学分野を対象として創造的に活用できる可能性をもった技術者の育成を図る。各コースの核となる専門的知識と技術は，次のとおりとする。

（１）機械システムコースは，機械工学に関する研究課題を解決するために必要な力学，材料，生産・加工，設計，熱流体，機械力学・制御などの知識と情報収集，整理，研究遂行のための専門的知識と技術とする。

（２）電気電子情報コースは，電気電子工学，情報工学に関する研究課題を解決するために必要な電気回路，ディジタル回路，ロボット制御，計測，プログラミングなどの知識と情報収集，整理，研究遂行のための専門的知識と技術とする。

（３）建設システムコースは，土木工学に関する研究課題を解決するために必要な構造・材料，地盤・水工・環境，計画・防災などの知識と情報収集，整理，研究遂行のための専門的知識と技術とする。

（４）応用化学コースは，応用化学に関する研究課題を解決するために必要な物理化学，無機化学，有機化学，分析化学，生物化学，化学工学などの知識と情報収集，整理，研究遂行のための専門的知識と技術とする。

（阿南工業高等専門学校学則第30条）